Наследственные заболевания глаз (inherited eye disease) — это группа заболеваний, поражающих различные структуры глаза, такие как сетчатка, зрительный нерв, роговица и хрусталик, и часто вызванных генными мутациями. Генетическое тестирование необходимо для окончательной диагностики, определения типа наследования и предоставления информации семьям пациентов, и роль офтальмолога велика.
Результаты теста возвращаются в следующих трех категориях.
Результат
Значение
Положительный
Обнаружение мутации, вызывающей заболевание
Отрицательный
Мутация в целевой области не обнаружена
VUS (вариант неопределенного значения)
Связь между мутацией и заболеванием не установлена
VUS требует интерпретации специалистом и дополнительного анализа; он не может быть использован в качестве диагностического доказательства в текущем виде.
QЧто произойдет, если результат генетического теста будет «вариант неопределенного значения (VUS)»?
A
VUS — это результат, при котором связь между мутацией и заболеванием в настоящее время неизвестна, и его нельзя определить ни как «положительный», ни как «отрицательный». Требуется интерпретация специализированным генетическим консультантом или офтальмологом-генетиком, и возможна переклассификация после обновления баз данных или дополнительных семейных тестов.
Ниже приведены термины, часто используемые в офтальмологической практике.
Аллель: различные формы гена, расположенные в одном и том же локусе на гомологичных хромосомах
Аутосомно-доминантное наследование (АД): тип наследования, при котором для развития заболевания достаточно одной копии мутантного гена
Аутосомно-рецессивное наследование (АР): тип наследования, требующий двух копий (обоих аллелей) мутантного гена
X-сцепленное наследование (XL) : форма, при которой мутация находится в гене на X-хромосоме. Мужчины, будучи гемизиготными, более подвержены заболеванию.
FISH (флуоресцентная гибридизация in situ) : метод обнаружения специфических хромосомных последовательностей с помощью флуоресцентно меченых зондов.
SNP (однонуклеотидный полиморфизм) : различие в одном нуклеотиде в геноме между людьми.
WES (секвенирование всего экзома) : метод анализа всех кодирующих последовательностей (экзома).
WGS (секвенирование всего генома) : метод определения полной последовательности ДНК генома.
VUS (вариант неопределенной значимости) : вариант последовательности, связь которого с заболеванием не установлена.
Пенетрантность: доля людей с генетической мутацией, у которых развивается заболевание
Экспрессивность: различия в тяжести симптомов между людьми с одной и той же мутацией
Мозаицизм: состояние, при котором популяции клеток в организме имеют генетические различия
De novo: мутация, возникшая у пациента и отсутствующая у родителей
При диагностике наследственных заболеваний глаз рекомендуется проводить обследование поэтапно в следующем порядке. 1)
Генетическая панель : одновременная оценка нескольких генов, характерных для предполагаемой группы заболеваний. Хороший баланс между стоимостью и эффективностью анализа.
Секвенирование всего экзома (WES) : проводится, если панельное тестирование не позволяет поставить диагноз. Анализ трио (пациент + родители) повышает точность интерпретации вариантов.
Секвенирование всего генома (WGS) : проводится, если WES также не позволяет поставить диагноз. Позволяет обнаруживать мутации в некодирующих областях, таких как интроны и промоторы.
Если поэтапный подход панель → WES → WGS не позволяет поставить диагноз, рассматриваются дополнительные методы, такие как RNA-seq, длинное прочтение и функциональные анализы. 1)
Регулярный повторный анализ данных экзома и генома может выявить новые причинные мутации, не идентифицированные при первоначальном анализе, и, по сообщениям, частота диагностики может увеличиться до 20 %. 1)
QВ чем разница между секвенированием всего экзома и секвенированием всего генома?
A
WES нацелен на кодирующую белки область экзома (около 1–2% всего генома) и имеет относительно низкую стоимость. WGS анализирует весь геном, включая интроны, промоторы и регуляторные области, поэтому может обнаруживать мутации в некодирующих областях, но стоимость и объем данных выше.
QВ каком порядке проводятся генетические тесты?
A
Обычно рекомендуется поэтапный подход: панель → WES → WGS. 1) Сначала оцениваются гены, связанные с подозреваемыми заболеваниями, с помощью панельного теста. Если диагноз не установлен, переходят к WES. Если диагноз остается сложным, рассматривается WGS.
Для определения клинической значимости мутаций используются следующие базы данных. 1)
RetNet : всеобъемлющая база данных генов, связанных с заболеваниями глаз. В ней собраны соответствия между обнаруженными генами заболеваний и фенотипами.
ClinVar : база данных NCBI, которая публично собирает ассоциации между генетическими вариантами и заболеваниями.
LOVD (Leiden Open Variation Database) : открытая база данных, собирающая информацию о мутациях по каждому гену. Позволяет искать мутации, которыми делятся исследователи и клиницисты.
7. Последние исследования и перспективы на будущее (отчёты на стадии исследований)
воретиген непарвовек (Luxturna) : первый одобренный FDA и EMA в 2017 году офтальмологический препарат генной терапии для наследственной дистрофии сетчатки (LCA2), вызванной мутациями гена RPE65. 1) Вводится субретинально с помощью AAV-вектора.
Эффект в педиатрической когорте : AAV-генная терапия (III фаза) при хориодермии (мутация гена CHM) показала стабилизацию зрения в педиатрической когорте. 1)
Исследования и клинические испытания
Болезнь Штаргардта (мутация ABCA4) : Лечение с использованием двойных AAV-векторов и антисмысловых олигонуклеотидов (ASO) проводится в фазе I/II. 1)
Ахроматопсия (мутации CNGA3/CNGB3) : Генная терапия с использованием AAV-вектора оценивается в фазе I/II. 1)
Синдром Ашера 1B (мутация MYO7A) : Терапия двойными AAV-векторами для крупных генов проводится в фазе I/II. 1)
X-сцепленный ретиношизис (мутация RS1): Лечение с использованием вектора AAV8 оценивается в фазе I/II. 1)
В офтальмологической генной терапии наиболее часто используемой системой доставки является вектор AAV (аденоассоциированный вирус). 1) Глаз является иммунопривилегированным участком и допускает малоинвазивное местное введение, что делает его основным органом-мишенью для генной терапии.
Воретиген непарвовек для LCA2 (врожденный амавроз Лебера, вызванный мутацией RPE65) получил одобрение FDA и EMA в 2017 году и доступен для клинического применения. 1) Генная терапия для других IRD (болезнь Штаргардта, ахроматопсия, синдром Ашера и др.) в настоящее время находится на стадиях I–III.